99% è un problema del lettore, è purtroppo un difetto molto comune nelle 40gb(quasi al pari del problema del YLOD(che tenderei a escludere perchè dovrebbe presentarsi anche con le demo)(te lo dico da possessore di 60gb e quindi abbastanza interessato e documentato sull'argomento temendo un giorno che la stessa cosa accada alla mia bestiola :( )....
Per sicurezza fai un bel back-up dei dati che ritieni indispensabili, perchè nel caso mi sbagliassi(anche se son quasi sicuro da come l'hai descritto che si tratti del lettore) e quindi fosse il problema della scheda madre YLOD una volta "fusa" è molto difficile riuscire a riaccedervi ;)