Così su due piedi direi di fare due cose per controllare lo stato di salute dei tuoi hdd. Non so se ci sia un modo per avviare un software di diagnostica senza installare il so, per cui installa Win sull'hdd che fa le bizze e testalo con un programma apposito, tipo SeaTools, l'ottima utility della Seagate. Inoltre abilita dal BIOS l'HDD S.M.A.R.T. e vedi se al boot ti segnala qualche problema