In pratica tu vuoi che si avvi in automatico all'avvio giusto?
Bisogna controllare se è selezionato nella lista dei programmi che devon caricarsi all'avvio(visibile digitando msconfig ma sconsigliato per utenti inesperti in quanto se si toccano parametri a caso si fanno danni!).
Comunque se mai devi fare:
Start -> cerca "msconfig" -> spostati nella sezione avvio e controlla che ci sia la spunta su Windows Live Messenger; se è già presente non saprei proprio perchè non parta in automatico :S