Ciao!

Posso farti una domanda? Hai rpeso Eclipse dal sito o l'hai installato tramite apt?
In generale è sempre meglio utilizzare i pacchetti che vengono forniti con la propria distribuzione perchè a volte alcune librerie (o ad esempio una minor release della macchina virtuale Java) possono causare problemi.

Il consiglio che posso darti è quello di disinstallare Eclipse e riinstallarla utilizzando il pacchetto che trovi nei repositories (tramite comando "sudo apt-get install eclipse"), evitando così eventuali problemi di incompatibilità con librerie varie. Se il problema dovresse ripresentarsi, passiamo a vedere se c'è qualcosa che non va bene.

Il problema si è manifestato dopo che hai eseguito qualche operazione particolare (installazione/disinstallazione di software, aggiornamento kernel, ecc...)?
Memoria ram ne hai libera durante l'esecuzione? Hai aggiunto plugin a Eclipse?

Scusa le domande è solo per inquadrare meglio la fonte del problema.

Ciao!