Secondo me ti stai facendo paranoie inutili...... se dopo aver stressato la scheda video non hai notato problemi (e con Crysis l' hai stressata di sicuro) e tutto ti funziona a dovere non credo che ci siano problemi di temperatura.
Differenze di temperatura fra due schede identiche ci possono essere tranquillamente, dato che avendo smontato ormai una marea di dissipatori di scheda video posso dire che come mettono la pasta dissipante di serie(troppa e di bassa qualità) e per come sono fatti i dissipatori non c'è da stupirsi se ci sono discrepanze fra un modello e l' altro.
Per quanto riguarda la tua configurazione sicuramente non è il massimo dell' equilibrio ma siccome non tutti possono permettersi di cambiare tutto il pc quando cambiano scheda video meglio avere una vga ottima come la tua e un pc non performantissimo che il contrario(io ho visto quad core con un 6200 TC montata sopra).