F@H. Quando scienza ed informatica si fondono.
Molti lo fanno ma pochi sanno che cosa ci sia dietro.
Non è un indovinello infantile bensì quello che accade quando si fà Folding@Home.
Credo che sapere quello che c'è dietro a quella console sia una cosa importante da sapere, non perchè questa nozione ti cambia la vita, per pura e semplice curiosità.
Folding è una parola inglese che in italiano significa ripiegare. Si, ma cosa?
Per capire il tutto partiamo dall'inizio :D
La Stanford University è uno dei centri mondiali più importanti nello studio dei meccanismi che causano le malattie neurodegenerative. Studiarle tutte è quasi impossibile per questo tutti gli sforzi si sono concentrati sulle patologie più comuni come il morbo di Parkinson, il morbo di Alzheimer, le encefalopatie spongiformi (una delle quali è il morbo della mucca pazza) e la sclerosi laterale amiotrofica. Nonostante i sintomi di queste patologie si distinguano tra di loro il meccanismo di patogenesi è simile ovvero la mutazione della struttura molecolare di una proteina specifica.
Tutti abbiamo sentito parlare di queste macromolecole, ma molti non conoscono la loro funzione. Queste molecole oltre ad essere diverse l’una dall’altra possono essere suddivise tra di loro a seconda della funzione biologica ad essa correlata. Ad esempio, gli enzimi sono strutture proteiche che aumentano la velocità con cui avviene un processo, i chaperoni piccole proteine che hanno il compito di trasportare una specie specifica all’interna della cellula ed i neurotramettitori che hanno il compito di inviare i segnali alle sinapsi.
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Il cervello può essere considerato come un pc alimentato dal un psu (il cuore) e costituito da tutti i vari hardware, una cpu capace di elaborare moltissime operazioni in un piccolo lasso di tempo trasferendole alla memoria centrale ovvero la ram (i nostri neuroni), e successivamente agli hard drive. Inoltre il chipset coordina tutte le istruzioni software che faranno muovere il pc completo (il nostro corpo). Purtroppo con il passare del tempo od a cause dovute a fenomeni da noi non controllabili l’efficienza del sistema diminuisce che crea le condizioni per un crash del sistema operativo. Questo è ciò che accade nelle malattie neurodegenerative. L’attività delle sinapsi (i fili che trasportano le informazioni) viene inibita a causa della formazione di aggregati costituiti da proteine che hanno cambiato la loro struttura.
Per chiarire le cause che originano queste patologie è necessario applicare tecniche costose e complesse, come la risonanza magnetica nucleare, che senza l’ausilio dell’informatica sarebbero perfettamente inutili.
Perché questa tecnica sia efficace è necessario suddividere l’esperimento in più parti.
La prima è strumentale si registrano dei profili che in gergo vengono chiamati “spettri”, la seconda è l’interpretazione dei dati ricavati dagli spettri nota come processing, la terza ed ultima fase è la simulazione. Sia il processing che le simulazioni computazionali avvengono via software.
Ma il folding?
Il Folding che noi facciamo fa parte delle simulazioni. La proteina possiede una energia che necessariamente deve essere il più piccola possibile perché il sistema sia rappresentato il più fedelmente possibile. In breve può essere condierata come un videogames che necessita di una ottimizzazione onde evitare la presenza di bug responsabili di un basso frame rate o di crash improvvisi.
Poiché l’ottimizzazione di questi sistemi è molto gravosa per una sola cpu si è scoperto un modo per poter compiere questi calcoli nel minor tempo possibile. Questo si chiama Folding @Home!!
E’ sufficiente distribuire il lavoro alle cpu dei singoli utenti che possono effettuare questi calcoli a casa senza che creino potenziali rischi, come i crash, al pc di casa.
Come posso fare Folding?
E' semplice! basta scaricare la [Solo gli utenti registrati possono vedere questo collegamento. ] e configurarla.
Per prima cosa dovete creare una directory dove inserire i seguenti file:
il file eseguibile scaricato e due link allo stesso.
Il primo serve per la configurazione della console, il secondo per lanciarla.
1° link: Creare un link e rinominarlo, per comodità, FAH Config
Cliccate con il destro del mouse ed andate su proprietà ---> destinazione ----> aggiungere la stringa -configonly
2° link: Creare un link e rinominarlo, per comodità, FAH Run
Cliccate con il destro del mouse ed andate su proprietà ---> destinazione ----> aggiungere la stringa -verbosity 9
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Fase 1: configurazione del client
Cliccate Fah Config ed inserite il vostro user (per confermare premete ENTER)
Inserire il numero del Team che fà Folding e confermate
Launch automatically at machine statup, insatlling this as services <yes/no> [no]?
La console può essere eseguita maulamente o eseguita come processo di sistema che viene avviato in fase di boot. I pigri e gli sbadati, come il sottoscritto, saranno felici di digitare si, altrimenti no.
Ask before fetching/sending work <yes/no> [no]?
Questa stringa vi chiede se volete essere avvisati quando la console eseguirà il download delle work unit e quando la stessa avrà finito di lavorare sarà necessario inviare il lavoro eseguito. Se avete una linea ADSL o una rete aziendale sempre attiva digitate no, altrimenti digitate yes.
Use Internet Explorer setting <yes/no> [no]? digitate no
Use proxy <yes/no> [no]?
Se per la connessione non vi avvalete di un server proxy digitate no.
Allow receipt of work assignements and return of work results greather than 5 MB in size <such work units may have large memory demands> <yes/no> [no]?
La console vi chiederà se vorrete ricevere dei progetti di ricerca pesanti che vi richiederà una maggior quantità di memoria. Se avete cpu ed una quantità di ram buone (Pnetium 4 a 3 GHz con 1 GB di ram) digitate si altrimenti no.
Change advanced options <yes/no> [no]?
Digitate yes.
Core priority <idle/low> [idle]?
La work unit richiede un lavoro continuato alla cpu. Nel caso in cui, il pc sia il comune desktop che usiamo per le applicazioni quotidiane, games compresi, rispondete no. In questo caso la % di cpu usata diminuisce automaticamente quando aprite qualsiasi appliacazione. Ciò evita il rillentamento del pc se non un crash che molte volte richiede un rreboot.
Altrimenti se siete ricchi o se possedete dei pc vecchi, ma sufficientemente potenti per farere folding, vi potete permettere full.
CPU usage requested <5-100>
Quì potrete decidere la percentuale di cpu che verrà dedicata al foding quindi maggiore sarà il valore settato più velocemente completerete il lavoro richiesto dalla work unit downloadata.
Disable highly optimized assembly code <yes/no> [no]?
La console vi chiederà se vorrete lavorare con work unit pesanti. Se digitate si, sappiate che dovete possedere una cpu sufficientemente potente che vi permetta di lavorare con questo tipo di core. In questo caso vi suggerisco di settare il cpu usage al 100%!
Pause if battery power is being used <yes/no> [no]
Se lavorate con un pc alimentato dalla rete digtate no. Nel cao in cui il pc usato per fare F@H sia alimentato a pile, come un notebook, vi conviene digiatare si.
Interval, in minuts, betwen checkpoint <3-30> <5>?
Il tempo in minuti che trascorre tra un salvataggio automatico e l'altro. Per precauzione generalmente io lo imposto su 3.
Memory, in MB, to indicate
per lavorarela work unit richiede una quantità di ram maggiore la impostate e minore sarà il tempo usato.
Request work units without deadline?
Digitate no. Ciò è una precauzione per evitare di scaricare work units fake.
Set -advmethods flag always, requested new advanced scientific cores and/or work units if available <no/yes> [no]?
La stringa vi chiede se volete scegliere un metodo di ottimizzazione definito escludendo tutte le work units che richiedono un processo di ottimizzazione diverso da quello scelto.
Premete Enter fino a che non vi appare questa stringa
Ignore any deadline information <mainly useful ih system clock frequently has errors <no/yes> [no]?
Digitate no.
Machine ID [1-8] [1]?
Ogni user può lavorare al massimo con 8 console :D (a patto che abbiate più di un pc). Ogni console deve essere numerata. Per questo motivo state attenti alla numerazione deve essere consecutiva e non và assolutamente ripetuta. Quindis e avete due console attive la prima avrà ID 1 la seconda ID 2 e via dicendo.....
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Fase 2: lanciare la console.
Dopo aver terminato la configuarazione della console non vi resta che lanciarla.
Se avete digitato yes quando la cosole ha visualizzato questa stringa Launch automatically at machine statup, insatlling this as services <yes/no> [no]? è sufficiente un reboot del pc.
In caso contrario basta fare doppio click sul link Fah Run ed il gioco è fatto!!
Fase 3: chiudere la console.
Se la console viene caricata automaticamente durante il boot del sistema per chiudere la console senza perdere i dati dovete aprire la task manager selezionare il processo FAH504-CONSOLE.exe e cliccare su termina processo.
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Se invece lanciate la console manulamente è sufficiente la combinazione Ctrl (sx) + c.
NON CHIUDETE LA CONSOLE PREMENDO ALTRE COMBINAZIONI DI TASTI COME Alt + F4 O CON LA X.
Rischiate di corrompere il core su cui lavorate pena interruzione del folding con necessaria riconfigurazione della console.
