In pratica, ad esempio in windows, il programma di boot all'avvio (o boot loader) per la scelta dell'os viene installato sul disco di sistema, quindi se installi un seven o un vista sul nuovo HD, il boot loader verrà avviato da quel disco, permettendoti di scegliere quale os avviare. Ovviamente dovrai poi impostare da bios il disco di boot, o partirà sempre il boot loader dell'os del primo disco, negandoti la possibilità di scelta. Ad ogni modo il boot loader, dopo l'installazione dell'os sul secondo disco, potrà essere installato su qualunque disco